Детски гроб, залят с вар заради чумна епидемия и скелет на мъж, прободен с нож в сърцето откриха археолозите, които в момента работят по проект „Вяра в Несебър” в старата част на града. Учените се опитват да разкрият основите на църквата „Св. Йоан Кръстител”, за да започне тяхното укрепване. Църквата е издигната през Х, като дълго време преди това мястото е било съсредоточие на езически религиозен култ. Останки от него са открити в югозападния край на църквата.

Той е граден от добре обработени, големи каменни блокове, поставени плътно един до друг, без спойващ разтвор. Все още не е установено на кое божество от езическия пантеон е бил посветен храма. В края на IV и началото на V в.сл.Хр. на мястото на езическия храм е построен християнски. От него е разкрита част от баптистерия (постройка, обикновено долепена до църквата, където се е извършвало Светото Кръщение).

В края на V–VI век е построена трикорабна едноапсидна базилика. Нейният пълен план тепърва предстои да бъде установен. Тя частично разрушава баптистерия на по-ранната църква.  През Х век базиликата е разрушена, като голяма част от строителния материал от нея е използван при строителството на новата кръстокуполна църква „Св. Йоан Кръстител“. Мраморни сполии (преизползвани материали) могат да се видят в носещите стълбове на църквата и по фасадите, а мраморните колони са украсявали двора на църквата.

До момента на  мястото са проучени 38 гроба. Те са от три времеви периода VI-VII век, ХIII-XIV и XVI-XIX век. Интерес представлява надпис в църквата, в  който се споменава, че тук е погребан капитан–лейтенант Полозов, от руския императорски флот, служил на корветата „Олга“. Тя е взела участие в

руско-турската война от 1828-1829 година, завършила с разгромна победа на Русия. По време на тази война Месемврия е превзета от руските войски.

Църквата „Св. Архангели Михаил и Гавраил” е построена през XIII век. Археологическите проучвания са съсредоточени в двора северно от църквата. Тук на площ от около 40 квадратни метра са проучени 28 гроба от XIII–XIV и XVI-XVII век.

Интерес предизвикват два гроба. Първият от тях е на дете от XIV век, погребано в ковчег, залят от горе с вар. Това се е практикувало при жертви на чумни епидемии, като по този начин се е целяло да се спре разпространението на заразата. Все още не е установено коя точно от няколкото вълни на чумни епидемии през XIV век е покосила и част от жителите на средновековна Месемврия.

Вторият гроб е от XVII век. При него в лявата част на гръдния кош, с острие между ребрата е открит железен нож. Вариантите се два. Това да е криминален случай, т.е. погребаният индивид да е бил убит и поставен с ножа в гроба, или ножът да е бил забит след смъртта на погребания с цел предотвратяване на завръщането му сред живите – т.нар „вампирясване“. Последните няколко дни се очертаха и гробове, които най-вероятно са от преди XIII век, косвено доказателство, че и църквата „Св. Архангели Михаил и Гавраил“ е построена върху по-ранна църква.

Археологическите проучвания през лятото на 2013 по проекта „Вяра в Несебър“ са съсредоточени в две църкви – ‚Св. Йоан Кръстител“ и „Св. Архангели Михаил и Гавраил“. Археологическият екип включва Тодор Марваков, Музей „Старинен Несебър“ и д-р Мартин Гюзелев и Константин Господинов от РИМ – Бургас, като финансирането е осигурено от община Несебър и Музей „Старинен Несебър“.